Más del 60% del agua potable utilizada en el proceso de nixtamalización se desecha al ambiente como agua residual (nejayote). Esta contiene: una alta concentración de materia orgánica (20-30 gDQO L^-1), cantidades considerables de Ca²⁺, PO₄^-2 y otros nutrientes. En este trabajo se evalúan por un lado, la producción de metano en un reactor de lecho de lodos de flujo ascendente (UASB), diluyendo el nejayote con agua residual municipal a diferentes cargas orgánicas; y por el otro, el efecto del calcio en los lodos granulares, precipitándolo por medio de burbujeo con CO₂. Los resultados más importantes muestran una disminución hasta 20 veces en la actividad metanogénica de los lodos sin remoción de Ca²⁺; las eficiencias de remoción de la DQO son mayores al 90% y que el calcio a bajas concentraciones aumenta la actividad metanogénica de los lodos. A partir de estos resultados se propone un sistema de tratamiento que pueda adaptarse a los molinos de nixtamalización existentes en la ciudad de México.